Η Batavia Air ξεκίνησε ως Metro Batavia με ένα μισθωμένο αεροσκάφος Fokker F28 τον Ιανουάριο του 2002, σημείωσε γρήγορη ανάπτυξη και κατάφερε να γίνει η τέταρτη μεγαλύτερη αεροπορική εταιρεία της Ινδονησίας. Τον Δεκέμβριο του 2012, διατηρούσε έναν στόλο από 34 αεροσκάφη της οικογένειας Α320 και 737.
Πέρυσι, η εταιρεία πραγματοποίησε διαπραγματεύσεις με την AirAsia για την απόκτηση του 49% των μετοχών της Batavia Air. Ωστόσο, η συμφωνία εγκαταλείφθηκε στα τελικά στάδια.
Τέλος, η με έδρα τις ΗΠΑ εταιρεία εκμίσθωσης αεροσκαφών, ILFC (International Lease Finance Corporation) κατέθεσε αίτηση πτώχευσης κατά της Batavia Air, αφού η αεροπορική εταιρεία δεν είχε να πληρώσει τα 4,7 εκατ. δολάρια για την αγορά των δύο Α330.
Το δικαστήριο της Ινδονησίας κατέληξε σε απόφαση υπέρ της ILFC και ανακοίνωσε την πτώχευση της Batavia Air στις 31 Ιανουαρίου 2013.
